高效液相色譜儀的系統(tǒng)由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。儲液器中的流動相被高壓泵打入系統(tǒng)，樣品溶液經進樣器進入流動相，被流動相載入色譜柱(固定相)內，由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數(shù)，在兩相中做相對運動時，經過反復多次的吸附-解吸的分配過程，各組分在移動速度上產生較大的差別，被分離成單個組分依次從柱內流出，通過檢測器時，樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀，數(shù)據(jù)以圖譜形式打印出來。
高效液相色譜儀應用非常廣泛，幾乎遍及定量定性分析的各個領域。
(1)分離混合物
高效液相色譜法只要求樣品能制成溶液，不受樣品揮發(fā)性的限制，流動相可選擇的范圍寬，固定相的種類繁多，因而可以分離熱不穩(wěn)定和非揮發(fā)性的、離解的和非離解的以及各種分子量范圍的物質。
通過與試樣預處理技術相配合，高效液相色譜儀所達到的高分辨率和高靈敏度，可分離并同時測定性質上十分相近的物質，能夠分離復雜混合物中的微量成分。并且隨著固定相的發(fā)展，還可在充分保持生化物質活性的條件下完成對其的分離。
(2)生化分析
由于高效液相色譜儀具有高分辨率、高靈敏度、速度快、色譜柱可反復利用，流出組分易收集等優(yōu)點，因而被廣泛應用到生物化學、食品分析、醫(yī)藥研究、環(huán)境分析、無機分析等各種領域，并已成為解決生化分析問題最有前途的方法。
(3)儀器聯(lián)用
高效液相色譜儀與結構儀器的聯(lián)用是一個重要的發(fā)展方向。高效液相色譜一質譜聯(lián)用技術受到普遍重視，如分析氨基甲酸酯農藥和多核芳烴等：高效液相色譜一紅外光譜聯(lián)用也發(fā)展很快，如在環(huán)境污染分析測定水中的烴類等．使環(huán)境污染分析得到新的發(fā)展。
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